首先，我们需要将F1和F2中的项分解成函数和参数的形式：

F1: P(a, x, f(g(y))) -> P(f(a), f(x), f(f(g(y))))
F2: P(z, f(z), f(u)) -> P(f(z), f(f(z)), f(u))

接下来，我们需要找到F1和F2的最一般合一（MGU）解。我们可以通过以下步骤来找到MGU：

1. 比较F1和F2的第一个参数，发现它们都是变量，因此可以将它们统一替换为一个新的变量v，即：

F1: P(a, x, f(g(y))) -> P(f(a), f(x), f(f(g(y))))
F2: P(z, f(z), f(u)) -> P(f(z), f(f(z)), f(u))
变量替换：F1: P(v, x, f(g(y))) -> P(f(v), f(x), f(f(g(y))))
F2: P(v, f(v), f(u)) -> P(f(v), f(f(v)), f(u))

2. 比较F1和F2的第二个参数，发现它们都是变量，因此可以将它们统一替换为一个新的变量w，即：

F1: P(v, x, f(g(y))) -> P(f(v), f(x), f(f(g(y))))
F2: P(v, f(v), f(u)) -> P(f(v), f(f(v)), f(u))
变量替换：F1: P(v, w, f(g(y))) -> P(f(v), f(w), f(f(g(y))))
F2: P(v, f(v), f(u)) -> P(f(v), f(f(v)), f(u))

3. 比较F1和F2的第三个参数，发现它们都是复合函数，因此需要进一步分解：

F1: P(v, w, f(g(y))) -> P(f(v), f(w), f(f(g(y))))
F2: P(v, f(v), f(u)) -> P(f(v), f(f(v)), f(u))
分解：F1: f(g(y)) -> f(f(g(y)))，P(v, w, f(g(y))) -> P(f(v), f(w), f(f(g(y))))
F2: f(v) -> f(f(v))，f(v) -> f(f(v))，P(v, f(v), f(u)) -> P(f(v), f(f(v)), f(u))

4. 比较F1和F2的第三个参数的子项，发现它们都是常量，因此无需进行替换。

5. 最终得到MGU解为：{v/f(a), w/x, g(y)/f(a)}

因此，F1和F2的MGU解为：{v/f(a), w/x, g(y)/f(a)}。